Pobyt w Japonii 400px|thumb|left|Dejima i zatoka Nagasaki P.F. von Siebold przybył do Dejimy w sierpniu 1823 r. z zadaniem rozpoznania możliwości prowadzenia handlu z Japonią pod wojskowymi rządami rodu Tokugawa. Początkowo japońscy tłumacze na wyspie, którzy posługiwali się holenderskim lepiej niż Siebold, byli podejrzliwi wobec niego ze względu na jego akcent, a ponadto na jego pochodzenie z kraju, który nie miał żadnych kontaktów z Japonią.
Polityka zamknięcia kraju przed cudzoziemcami uniemożliwiała im opuszczanie tej faktorii, ale Siebold jako lekarz zdobył stopniowo zaufanie i szacunek Japończyków. Przekonano się do jego wiedzy i zdolności. Dzięki temu uzyskał możliwości poruszania się w okolicach Nagasaki, aż w końcu zezwolono mu na otwarcie praktyki na obrzeżach miasta, w Narutaki (dziś dzielnica miasta).
W czasie swoich wizyt na głównych wyspach Siebold poznał japońskich lekarzy i naukowców. Niektórzy z nich potrafili już mówić i pisać po holendersku. Władze kraju zezwalały na takie kontakty w celu poznania i zrozumienia holenderskich ksiąg i map, które otrzymywali jako dary.