Po powrocie do Europy Badania, materiały i opracowania naukowe Siebolda zostały opublikowane m.in. w dziełach: Nippon, Fauna Japonica i Flora Japonica. Dzięki temu wiedza ta po raz pierwszy ukazała się Zachodowi. Zbiory zostały zakupione przez rząd Holandii i dziś znajdują się w Muzeum Etnologii (Rijksmuseum Volkenkunde) w Lejdzie.
W następnych latach Siebold był zatrudniany przez wiele instytucji z różnych krajów jako doradca w sprawach japońskich. W 1859 r. ponownie udał się do Japonii. Przez pewien czas pracował dla holenderskiej firmy handlowej, a następnie był doradcą sioguna do spraw międzynarodowych. Jednakże jego przeszłość i kontrowersyjne działania w burzliwym dla Japonii okresie nie były tam mile widziane, co skłoniło go do powrotu do Europy.
Życie prywatne W czasie swojego pierwszego pobytu w Japonii poznał w 1824 r. szesnastoletnią Sonogi (także imiona Taki, Otaki) Kusumoto. Jedni badacze uważają, że była ona kurtyzaną, która spędziła sześć lat z Sieboldem na Dejimie, pomagając mu w domu i ogrodzie oraz ucząc japońskiego. Jednakże inni skłaniają się ku opinii, że udawała ona prostytutkę, aby mieć dostęp do wyspy i cudzoziemców. Kobietom japońskim nie wolno było wówczas wychodzić za mąż za cudzoziemców, ale kurtyzany mogły być wynajmowane przez nich na nieokreślony czas.