Po wyjeździe Siebolda Otaki wyszła za Japończyka.
Po trzech latach wspólnego życia Otaki urodziła Sieboldowi córkę, której nadano imię Ine. Poszła ona śladem swojego ojca i została pierwszą w Japonii lekarką zachodniej medycyny. Po wielu latach udanej praktyki w Nagasaki została lekarką cesarzowej. Po wyjściu za mąż nazywała się Ine Nakamura. Kolorowa ilustracja przedstawia P.F von Siebolda wypatrującego statku Holenderskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej. Obok niego stoi Sonogi, trzymając na rękach dwuletnią Ine. Jest to więc utrwalony moment ich rozstania na 30 lat.
Po powrocie do Europy poślubił w 1845 r. Helene von Gagern (1820–1877). Mieli pięcioro dzieci: trzech synów i dwie córki.
Został pochowany na Starym Cmentarzu Południowym w Monachium.
Uznanie W 1989 r. tuż obok miejsca, w którym stał dom Siebolda, otwarto w Nagasaki Muzeum Pamięci Siebolda (ang. Siebold Memorial Museum; jap. Shīboruto Kinenkan) w uznaniu jego zasług w rozwoju nowoczesnej Japonii. Budynek jest odwzorowaniem jego domu w Lejdzie i usytuowany obok miejsca, gdzie stworzył swoją klinikę i szkołę. W 1992 r. postawiono tam jego pomnik.