Gametangia i sporogony Jest to mech dwupienny. Sporogony dojrzewają w środku bądź pod koniec lata i występują dość często. Zarodniki mają 24-33 μm średnicy, są żółtobrązowe i silnie brodawkowate.
Gatunki podobne Może być mylony z innymi torfowcami podrodzaju Sphagnum – torfowcem brodawkowatym (Sphagnum papillosum) oraz torfowcem środkowym (Sphagnum centrale), a także z torfowcem nastroszonym (Sphagnum squarrosum) z podrodzaju Acutifolia. Od torfowca brodawkowatego różni się większą długością i ostrym zakończeniem gałązek na brzegach główki. Oba gatunki odróżnić można także po barwie. Podczas gdy u torfowca brodawkowatego typowym kolorem główek jest jasnobrązowy, tak torfowiec błotny ma je najczęściej zielone lub żółtozielone, w drugiej połowie roku nierzadko z intensywniej, pomarańczowawo lub brązowawo przebarwioną środkową częścią. Zdarzają się jednak jednobarwne, gęste darnie torfowca błotnego, ze skróconymi gałązkami w główce, które odróżnić można tylko pod mikroskopem. U S. palustre wewnętrzne ściany komórek wodnych listków gałązkowych sąsiadujące z komórkami chlorofilowymi są gładkie, nie brodawkowate. Od S. centrale różni się kształtem komórek chlorofilowych listków gałązkowych.