Również na wschód od głównej alei znajdował się ogród kolonialny, który został założony w celu badania roślin użytkowych nadających się do uprawy w koloniach niemieckich. W kolejnym dziale na wschód od głównej alei, w pobliżu południowego wejścia, prezentowane są od czasu otwarcia ogrodu rośliny jednoroczne, wieloletnie i ozdobne.
Biorąc pod uwagę najstarsze korzenie Ogrodu Botanicznego, względnie nowy jest tzw. „ogród książęcy” (Kurfürstengarten) w północnym podwórzu między budynkami szklarni. Powstał tutaj ogród dworski i ziołowo-warzywny, taki jaki znajdował się przy berlińskim pałacu miejskim w XVII wieku. W wydanej przez Johanna Sigismunda Elsholtza w 1663 książce Flora Marchica zachowały się wzmianki o wykorzystaniu tamtych terenów pod zasiew i sadzenie roślin.
thumb|Kaktusy w budynku I thumb|Grzybieniowate w budynku O)>
Podział budynków wystawowych Do dyspozycji zwiedzających są następujące szklarnie: A: Wielka szklarnia z roślinami tropikalnymi B: Begonie C: Tropikalne rośliny użytkowe D: Storczykowate i dzbaneczniki E: Rośliny wilgotnej strefy tropikalnej F: Paprocie strefy