Dział ten przeniesiono z dawnego ogrodu aptekarskiego, który znajdował się kiedyś nieco bardziej na wschód razem z „działem ekonomicznym”, w którym pokazywano rośliny użytkowe.

thumb|Ogród zbliżony do naturalnego dla roślin bagiennych i wodnych Dwa „działy morfologiczne” znajdują się na wschód od głównej alei na ograniczonych budynkami wolnych przestrzeniach. Szczególnie godna uwagi jest kolekcja roślin wodnych i bagiennych w dziale II. Na jej potrzeby wybudowano 262 betonowe niecki z ciągłym dopływem i odpływem nadwyżki wody. Wielka niecka dla tropikalnych roślin bagiennych była podgrzewana. Cały kompleks nadal istnieje, przestano jednak o niego celowo dbać po otwarciu sąsiadującego nowego ogrodu z roślinnością wodną i bagienną. Obecnie rozwija się w nim biotop mający na celu ochronę naturalnej, rodzimej roślinności i zwierząt.

W miejscu „Morfologicznego działu I” od 1984 znajduje się „Ogród zapachu i dotyku”, w którym tabliczki z nazwami roślin zapisane są również w alfabecie Braille’a. Plany na wejściach do tego obszaru przedstawione przy pomocy reliefów ułatwiają niewidomym orientację. Dodatkowo można w kasach wypożyczyć zeszyty wydane alfabetem Braille’a.