Istniejący na tym terenie jeszcze przed budową Ogrodu Botanicznego staw z karpiami został powiększony, a obok zbudowano dodatkowo drugi staw, by umożliwić prezentację roślin strefy przybrzeżnej.
thumb|left|Mieszany las liściasty w arboretum Południową i zachodnią część ogrodu zajmuje arboretum z bogatą i systematyczną kolekcją roślin rodzimych. Arboretum również graniczy ze stawami, tak więc w zbiorach znajdują się także rodzime rośliny ze strefy przybrzeżnej.
thumb|Roślinność alpejska w parku geograficznym W północno-zachodnim krańcu ogrodu umiejscowiono dział systematyki roślin, w którym rośliny zostały uszeregowane pod względem pokrewieństwa. Ta część ogrodu uległa zniszczeniu w kwietniu i maju 1945 podczas nalotów i ostrzału artyleryjskiego w czasie bitwy o Berlin. Dział odbudowano w nieco zmienionej formie, dodając poddział z roślinami leczniczymi. Rośliny te rosną na obszarze mającym kształt ludzkiego ciała, przy czym posadzono je w miejscach odpowiadających organom, na które oddziałują.