W wyniku tego Ogród Botaniczny nadal istnieje, musiał jednak pogodzić się z cięciami budżetowym w latach 2004–2009 z miliona € do 6,8 miliona €Berliner Morgenpost: Ohne Moos doch was los, 7. Juni 2004..
Dyrektorzy „nowego” Ogrodu Botanicznego: 1889–1921: Adolf Engler 1921–1945: Ludwig Diels 1945–1950: Robert Pilger 1950–1951: Johannes Mattfeld (komisarycznie) 1951–1958: Erich Werdemann (do 1955 komisarycznie) 1958–1959: Hans Melchior (komisarycznie) 1959–1961: Theo Eckardt (komisarycznie) 1961–1964: Walter Domke 1964–1976: Theo Eckardt 1976–1978: Johannes Gerloff (komisarycznie) 1978–2008: Werner Greuter od 2008: Thomas Borsch
Park i rośliny Podział Ogrodu thumb|Teren z wodospadem ukształtowany na wzór północnych Alp, około 1905 roku Teren otwarty Ogrodu Botanicznego został zaprojektowany przez Englera jako ogród krajobrazowy. Największą powierzchnię w jego obrębie zajmuje park geograficzny (12,9 ha) oraz arboretum (13,9 ha). Park geograficzny znajduje się bezpośrednio na zachód od głównej alei. Rośliny zaprezentowane są tu w skupieniach i warunkach typowych dla różnych części świata. Żeby to osiągnąć, dopasowano strukturę i rodzaj podłoża, przemieszczono 136 tys. m³ ziemi.