Po wojnie Ogród Botaniczny został włączony przez aliantów pod administrację miejską i już jesienią 1945 był do dyspozycji gości. Po tym jak tereny otwarte używano do końca blokady Berlina do uprawy warzyw, w 1949 przy pomocy amerykańskiego finansowania można było zacząć odbudowę. Jako pierwszą spośród dużych szklarń w 1950 otworzono szklarnię z wiktoriami (niem. Victoriahaus). W 1968 odbudowa ogrodu została zakończona otworzeniem wielkiej szklarni z roślinami tropikalnymi. Odbudowa muzeum ciągnęła się do roku 1987. W ciągu 40 lat możliwe było naprawienie zniszczeń budynków, strata unikatowego materiału pozostaje jednak trwała.
W roku 1996 zarówno ogród, jak i muzeum zostały włączone w skład Wolnego Uniwersytetu Berlińskiego. Od tego czasu mają status niezależnej jednostki międzywydziałowej.
Rozległe cięcia środków ze strony senatu Berlina groziły uniwersytetowi na wiosnę 2003 koniecznością zamknięcia ogrodu. W odpowiedzi na ten stan w ciągu kilku miesięcy zebrano 78 tys. podpisów za zachowaniem Ogrodu Botanicznego, które dyrektor ogrodu przekazał 7 lipca 2003 przewodniczącemu parlamentu berlińskiegoBerliner Morgenpost: Botanischer Garten: 78 000 Unterschriften übergeben, 8. Juli 2003..