W wyniku reformy administracyjnej z 1999 roku Wągrowiec powrócił na mapę administracyjną jako stolica powiatu, wchodząc w skład województwa wielkopolskiego.
Okres po 2000 roku to czas dużych inwestycji infrastrukturalnych i rewitalizacji przestrzeni miejskiej. Do najważniejszych przedsięwzięć należały:
Rewitalizacja Rynku (2009 r.) – przebudowa głównego placu miasta, w ramach której powstała m.in. fontanna multimedialna. Budowa obwodnicy miasta – realizowana etapami (ostatni odcinek oddano do użytku w 2014 roku), co pozwoliło na wyprowadzenie ruchu tranzytowego (drogi wojewódzkie nr 196 i 241) z centrum. Modernizacja linii kolejowej nr 356 (Poznań Wschód – Bydgoszcz Główna) – zakończona w 2011 roku inwestycja znacząco skróciła czas dojazdu do Poznania, czyniąc kolej głównym środkiem transportu dla wielu mieszkańców pracujących w stolicy województwa. Budowa Aquaparku Wągrowiec (2011), będącego centrum rekreacyjnym dla mieszkańców powiatu.