Ów główny atak miały poprowadzić jego doborowe niemieckie oddziały pancerne, 15 i 21 dywizja, wraz z 90 Dywizją Piechoty Lekkiej. Skrzydła atakujących jednostek osłaniać miały trzy dywizje z włoskiego pancernego XX Corpo d’Armata pod dowództwem gen. De Stefanisa.
Siły alianckie 13 sierpnia dowodzenie 8 Armią objął generał porucznik (późniejszy feldmarszałek) Montgomery. Wywiad brytyjski ostrzegał przed atakiem wojsk Rommla, w związku z czym poprzedni dowódca 8 Armii, gen. Claude Auchinleck, opracował drobiazgowy plan budowy umocnień na przedpolach Aleksandrii i Kairu na wypadek konieczności ich obrony, gdyby Niemcy przerwali front. Po wizytacji linii obronnych Montgomery zarzucił ten plan, będąc gotowym do obrony El Alamein za wszelką cenę.
Północny odcinek frontu (od pasma wzgórz Ruweisat do brzegu morza) trzymał XXX Korpus Brytyjski, wzmocniony australijską 9 Dywizją Piechoty, południowoafrykańską 1 Dywizją Piechoty oraz indyjską 5 Dywizją Piechoty. Przed frontem ciągnęły się głębokie pola minowe.