Monaster poniósł straty w czasie najazdu Mongołów w 1240, kiedy najeźdźcy zrabowali wyposażenie klasztornej cerkwi i złoto z kopuł obiektu. Kolejne dwa stulecia były okresem stagnacji; dopiero około 1496 na terenie monasteru podjęto prace budowlane, które powiększyły wielkość budynków. Szczególnego rozmachu prace nabrały za czasów ihumena Hioba (1619–1620). Również wsparcie finansowe ze strony hetmanów kozackich pozwoliło na dokonanie w I połowie XVII wieku znaczących zmian: budowy nowego monasteru, pomieszczeń dla pielgrzymów oraz przebudowy wcześniejszych obiektów w stylu barokowym. Do jednej istniejącej kopuły dobudowano dalszych sześć. Zachowano jednak wystrój wnętrza w stylu bizantyjskim. Monaster stał się, dzięki relikwiom św. Barbary, jednym z ważniejszych miejsc pielgrzymkowych na Ukrainie.
Mimo sekularyzacji części majątków ziemskich monasteru w XVIII wieku obiekt należał do najbogatszych klasztorów w Imperium Rosyjskim, liczył 240 mnichów.