Po przewrocie bolszewickim (rewolucji październikowej) i sowietyzacji Ukrainy, w 1922 monaster został zamknięty dla wiernych. W latach 30. XX wieku został uznany przez komisję powołaną przez władze stalinowskie za zabytek baroku kozackiego, a nie obiekt sięgający czasów Rusi Kijowskiej, i przez to zbyt mało cenny, by finansować jego konserwację. Udało się uratować z niego jedynie część wyposażenia soboru św. Michała, w tym 45 metrów kwadratowych mozaiki w stylu bizantyjskim. Usunięte mozaiki trafiły do różnych placówek muzealnych Kijowa i Moskwy. Rozbiórkę całego kompleksu ukończono w latach 1934–1936 przy użyciu dynamitu. Na miejscu monasteru miał stanąć zespół nowych obiektów rządowych, jednak ukończono jedynie budowę części z nich – dzisiejszego Ministerstwa Spraw Zagranicznych Ukrainy oraz kilku obiektów sportowych. Z oryginalnego zespołu architektonicznego pozostał jedynie refektarz (w 1963 uznany za zabytek kultury).
Monaster został odbudowany w latach 1997–1998, otwarty dla wiernych w rok później. W 2000 ukończono prace związane z ponowną dekoracją wnętrza.
W soborze św. Michała Archanioła w lutym 2014 r. urządzono szpital polowy dla rannych w protestach trwających od listopada 2013 na Placu Niepodległości.