28 stycznia 1919 kierownik Ministerstwa Spraw Wojskowych mianował go czasowo kapelanem wojskowym na stanowisku dziekana Okręgu Generalnego Warszawskiego i administratora kościoła garnizonowego na Placu Saskim z poborami pułkownika od 13 listopada 1918Dz. Rozk. Wojsk. Nr 10 z 11 grudnia 1918, poz. 390.. Od 1921 na stanowisku szefa duszpasterstwa katolickiego Dowództwa Okręgu Korpusu Nr I w Warszawie. 22 marca 1921 został mianowany reprezentantem duchowieństwa byłych Korpusów Wschodnich w Komisji Weryfikacyjnej dla Duchowieństwa Wyznania Katolickiego.
16 grudnia 1921 roku został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 roku w stopniu dziekana generalnego wśród kapelanów wyznania katolickiego. 3 maja 1922 roku został zweryfikowany dziekana generalnego ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 roku i 30. lokatą w korpusie generałów
Czynny na polu społecznym i charytatywnym. Zmarł 2 marca 1927 roku w Szpitalu Ujazdowskim w Warszawie, po długiej i ciężkiej chorobie nowotworowej. 5 marca 1927 roku w kościele garnizonowym w Warszawie odbył się pogrzeb ks. Niewiarowskiego.