Sezon 2009/2010 Swój pierwszy mecz w sezonie 2009/2010 Santon rozegrał w 4. kolejce Serie A w meczu przeciwko Parmie. Davide rozegrał całe spotkanie. W listopadzie doznał poważnej kontuzji kolana, która wyeliminowała go z gry na kilka miesięcy. Na skutek jego słabszej dyspozycji zaczęto spekulować o możliwości wypożyczenia Włocha do zespołu Genoa CFC z myślą o powołaniu Santona na Mistrzostwa Świata w Piłce Nożnej 2010. Ostatecznie do transferu nie doszło, a Santon nie został powołany przez Marcello Lippiego na turniej w Południowej Afryce. Do składu Interu powrócił w styczniu, zmieniając w trakcie meczu z AS Bari Cristiana Chivu. Niedługo później Santon ponownie doznał kontuzji i został wyeliminowany na 5 tygodni.
Sezon 2010/2011 Po przedwczesnym zakończeniu poprzedniego sezonu, Davide zapowiadał, że po wyleczeniu kontuzji, w nowym sezonie, będzie grał w pierwszym składzie Interu, a także to, że powtórzenie sukcesu jego drużyny z poprzedniego sezonu – zdobycie potrójnej korony, jest możliwe. 4 września 2010 telewizja Sky poinformowała o kolejnej kontuzji kolana Santona. 19 września 2010 w trzeciej kolejce Serie A, Santon zaliczył swój pierwszy oficjalny mecz w tym sezonie, zmieniając w 79. minucie spotkania Dejana Stankovicia.