W latach 1967–1970 izraelska armia była zmuszona prowadzić działania wojenne podczas wojny na wyczerpanie, równocześnie borykając się z coraz większym zagrożeniem terrorystycznym. Podczas Letnich Igrzysk Olimpijskich 1972 w Monachium palestyńscy terroryści z organizacji Czarny Wrzesień zabili 11 izraelskich sportowców. W odpowiedzi Dajan nie wahał się rozpocząć walki z terrorystami, wykraczając daleko poza granice Izraela. W działaniach tych Dajana wspierała nowa premier Golda Meir, która dała mu wolną rękę w sprawach bezpieczeństwa.
Seria kolejnych zwycięstw uśpiła czujność izraelskich dowódców, którzy dali się w 1973 zaskoczyć wybuchem wojny Jom Kipur. Niepotwierdzone źródła mówią, że drugiego dnia wojny, Dajan był bliski wydania rozkazu użycia broni jądrowej. Po wojnie prowadził jeszcze negocjacje w sprawie ustalenia tymczasowych linii granicznych z Syrią i Egiptem. Jednak w dniu 6 marca 1974 podał się do dymisji. 1 kwietnia 1974 Komisja Arganot opublikowała raport w sprawie przyczyn, okoliczności i przebiegu wojny Jom Kipur. Komisja uznała, że Dajan nie ponosił osobistej odpowiedzialności za wybuch i przebieg wojny.
Minister spraw zagranicznych