Równocześnie wzrosły jego wpływy polityczne.
Po wojnie wpływy Eszkola były znacznie osłabione i Dajan w rzeczywistości sprawował kontrolę nad państwem. Jedną z jego pierwszych decyzji było nakazanie usunięcia izraelskich flag ze Wzgórza Świątynnego i przekazanie nad nim zwierzchnictwa w ręce muzułmańskiego Wakfu. Decyzja ta pokazała, że Dajanowi zależało na pokojowym współistnieniu żydowskiej i arabskiej społeczności w państwie Izrael. Pomimo to nie wierzył w możliwość osiągnięcia trwałego pokoju z Arabami. Sprawując wojskową władzę administracyjną nad okupowanymi terenami Strefy Gazy, Zachodniego Brzegu i Wzgórzami Golan, przyjął metodę twardej polityki wobec wszelkich objawów nieposłuszeństwa Arabów. Jednak aby łagodzić nastroje niezadowolenia, podjął szerokie działania mające na celu podniesienie warunków życia, co w dalszej perspektywie miało zapobiec zamieszkom. Izraelskie przedsiębiorstwa angażowały się w rozbudowę terytoriów okupowanych, co dawało Arabom miejsca pracy, poprawiało infrastrukturę i polepszało standardy życia.