Gdy 22 lipca 1965 Ben Gurion założył nową partię polityczną Rafi, Dajan natychmiast do niej przystąpił. W VI Knesecie Rafi zajęła miejsce w opozycji i Dajan nie otrzymał żadnej propozycji ministerialnej. W okresie tym zaangażował się w promowanie izraelskiego przemysłu w świecie i zachęcał zagranicznych inwestorów do inwestowania w Izraelu. W 1966 został korespondentem wojennym na wojnie wietnamskiej. Obserwacje wojenne dały mu sposobność zrozumienia współczesnego pola walki, które z jednej strony opierało się na szybkich działaniach mobilnych jednostek przy wykorzystaniu helikopterów, z drugiej strony poznał zagadnienia wojny partyzanckiej.

Minister obrony Gdy w 1967 zaczęło narastać zagrożenie dla Izraela ze strony arabskich sąsiadów, premier Lewi Eszkol, pod naciskiem szefa Sztabu Generalnego Dawida Ben Guriona, powołał Dajana w dniu 2 czerwca na urząd ministra obrony. Dajan był już wtedy postrzegany jako bohater narodowy, a objęcie przez niego funkcji ministra obrony podniosło morale Izraelczyków, co było nie bez znaczenia w trudnym dla kraju momencie. Jednak decyzja o mianowaniu Dajana była równoznaczna z decyzją o rozpoczęciu wojny. 5 czerwca Dajan wydał rozkaz rozpoczęcia wojny sześciodniowej, która zakończyła się błyskawicznym sukcesem i wzrostem jego popularności.