W grudniu tego samego roku został powołany do Sztabu Generalnego Sił Obronnych Izraela na stanowisko szefa zarządzania operacyjnego.
Szef Sztabu Generalnego thumb|Mosze Dajan z oficerami Brygady Spadochronowej, 1955 thumb|Mosze Dajan i prezydent Richard Nixon, 1970 W dniu 6 grudnia 1953 został powołany na szefa Sztabu Generalnego Sił Obronnych Izraela.
W tamtym okresie terytorium państwa Izrael było nieustannie nękane przez napady arabskich fedainów. Dajan uważał, że problem ten należy rozwiązać przy pomocy rozwiniętych na szeroką skalę operacji wojskowych, które zniszczyłyby zaplecze fedainów, uniemożliwiając im atakowanie Izraela. Pod koniec lutego 1955 siły specjalne dowodzone przez Ariela Szarona rozpoczęły serię takich operacji na terytorium Strefy Gazy będącej pod okupacją Egiptu. W grudniu tego samego roku przeprowadzono podobną operację przeciwko Syrii. Latem 1956 doszło do eskalacji konfliktu na granicy jordańskiej.