Nie założył rodziny. W Berlinie mieszkał przy Mauerstraße 81 (pod tym adresem mieszkała również jego matka), a potem pod adresem Schützenstraße 73–74Berliner Adressbücher 1900-1939. Miał prywatną praktykę; jego pacjentem był m.in. Reinhold Meyer. Grób Ottona Kalischera na Cmentarzu żydowskim w Berlinie-Weißensee|thumb Zmarł 14 sierpnia 1942 w Berlinie, popełnił samobójstwo przez powieszenie w swoim mieszkaniu przy Hafenplatz po tym, jak otrzymał nakaz deportacji. 21 sierpnia 1942 został pochowany na cmentarzu żydowskim w Berlinie-WeißenseeBeisetzungsregister des jüdischen Friedhofs Berlin-Weißensee. Stiftung Neue Synagoge Berlin - Centrum Judaicum, Archiv (CJA)Opfer der Verfolgung der Juden unter der nationalsozialistischen Gewaltherrschaft in Deutschland 1933–1945 .
Dorobek naukowy Strona tytułowa monografii Die Urogenitalmuskulatur des Dammes mit besonderer Berücksichtigung des Harnblasenverschlusses (1900) z dedykacją autora dla Waldeyera|thumb|left W 1900 roku Kalischer opublikował w wydawnictwie Samuela Kargera monografię Die Urogenitalmuskulatur des Dammes mit besonderer Berücksichtigung des Harnblasenverschlusses, poświęconą anatomii układu moczowo-płciowego u kobiet. Praca była przygotowywana w Instytucie Anatomii od 1895 roku, autor korzystał ze stypendium fundacji Louise von Bose.