W 1772 r. wskutek I rozbioru Polski, Królestwo Prus dokonało aneksji części ziem obecnego regionu: Prus Królewskich bez Torunia, Krajny oraz części Pałuk i Kujaw z Bydgoszczą i Inowrocławiem. Prusy Królewskie przemianowano w przybliżeniu w prowincję Prusy Zachodnie, zaś w Bydgoszczy ustanowiono siedzibę władz Obwodu Nadnoteckiego, który objął wcielone tereny wielkopolsko-kujawskie, nie należące dawniej do Prus Królewskich. Reszta regionu znalazła się w granicach Prus po II rozbiorze w 1793 r., przydzielona do prowincji: Prusy Południowe i Prusy Nowowschodnie. W latach 1807–1815 cały region, z wyjątkiem jego północno-zachodnich kresów, znajdował się w Księstwie Warszawskim, utworzonym pod berłem Napoleona. Pod względem administracyjnym należał niemal w całości do departamentu bydgoskiego (bez Grudziądza i ziemi dobrzyńskiej przydzielonej do departamentu płockiego).thumb|Mapa fizycznaKlęska wojsk Napoleona w 1815 r. przesądziła o ponownym wcieleniu ziem regionu do obcych organizmów państwowych. W wyniku kongresu wiedeńskiego zachodnią i północną część regionu włączono do Prus, zaś część wschodnia stała się częścią Królestwa Kongresowego związanego z Rosją.