W obrębie zaboru pruskiego utworzono rejencję bydgoską, która objęła południowo-zachodnią część ziem obecnego regionu, zaś dawne tereny Prus Królewskich należały do rejencji kwidzyńskiej w prowincji Prusy Zachodnie. Rewolucja przemysłowa oraz rozwój handlu i komunikacji w II połowie XIX wieku spowodował rozwój gospodarczy zwłaszcza w zaborze pruskim. Dużymi węzłami kolejowymi stały się m.in. Bydgoszcz (gdzie od 1849 zlokalizowana była także Królewsko-Pruska Dyrekcja Kolei Wschodniej), Toruń i Inowrocław. Większość miast osiągnęła duży wzrost demograficzny, np. w 1910 r. Bydgoszcz liczyła 58 tys. mieszkańców (z przedmieściami 93 tys.), Toruń – 46 tys., Grudziądz – 40 tys., Włocławek – 36 tys., a Inowrocław – 25 tys.Województwo bydgoskie. Krajobraz, dzieje, kultura, gospodarka. Kujawsko-Pomorskie Towarzystwo Kulturalne w Bydgoszczy. Praca zbiorowa pod red. Antoniego Swinarskiego. Państwowe Wydawnictwo Naukowe. Oddział w Poznaniu 1973, s. 240, 241. Pogłębiła się także różnica w rozwoju społeczno-gospodarczym ziem regionu przedzielonych granicą niemiecko-rosyjską.