W związku z szykanami w Niemczech przeprowadził się w 1933 z Berlina do Poznania. Przed wybuchem II wojny światowej starał się o wyjazd do ogarniętej wojną domową Hiszpanii. Porzucił malarstwo na rzecz poezji i literatury. W czasie okupacji niemieckiej wstąpił do organizacji „Wolność” i pomagał Armii Krajowej. Jeździł jako kurier z informacjami z Polski do ambasady Mandżurii w Berlinie, skąd były one następnie przekazywane do rządu polskiego w LondynieLidia Głuchowska: Zwischen Kunst und Politik. Porträt des deutsch-polnischen Malers und Dichters Stanislaw Kubicki / Między sztuką a polityką. Portret polsko-niemieckiego malarza i poety Stanisława Kubickiego. W: „Dialog Berlin” 2003, 62-63, s. 118–125 i Lidia Głuchowska:„Verschwörer und Revolutionäre”. Zum Kriegsschicksal des Künstlers und Widerstandkuriers Stanisław Kubicki. W: „Inter Finitimos” 2008, 6, s. 100–117.. Latem 1941 roku został aresztowany w Warszawie. Nie zostało jednoznacznie wyjaśnione, czy przy przypadkowej kontroli, czy też wskutek czyjegoś donosu. Dokładna data śmierci nie jest znana. Jego ostatni list z Pawiaka pochodzi z 14 stycznia 1942. Jego polska rodzina została poinformowana o jego śmierci w czerwcu 1942 r. Miejsce pochówku nie jest znane.