Po ucieczce przebywał w Zakliczynie nad Dunajcem, korzystając z opieki miejscowej aptekarki Aleksandry Ottman, zaangażowanej w konspirację ciotki swojej narzeczonej Marii Gardulanki. Od października 1941 do kwietnia 1942 ukrywał się w klasztorze reformatów w Zakliczynie dzieląc celę z ks. Alojzym Jońcem, po czym przeniósł się do mieszkania Flakowiczowej i w kwietniu 1942 wstąpił do Armii Krajowej. Mieszkał następnie w willi Zofiówka przy ul. Jagiellońskiej, do której lokatorów należały w tym okresie siostry gen. Bernarda Monda Zofia Mondówna i Henryka Mościskierowa oraz wysiedlony z Wielkopolski prawnik i działacz Stronnictwa Narodowego Tadeusz Musiał. W 1943 zdał tajną maturę, po czym włączył się do tajnego nauczania w mieszkaniu byłego starosty wrzesińskiego Adama Charkiewicza w willi Koci Zamek blisko Zofiówki, współorganizując egzaminy maturalne w 1944. Po zakończeniu szkolenia wojskowego został dowódcą drużyny I plutonu („Zagłoba”) Placówki AK Zakliczyn („Zygmunt I”) w stopniu kaprala. Organizował szkolenia żołnierzy w klasztorze reformatów, wziął udział w akcji dywersyjnej „Turek” ppor. S. Stacha ps. Turek w Zawadzie Lanckorońskiej, Melsztynie i na zaporze w Rożnowie.