Starzy fani często wychodzili podczas koncertów, na co artysta nie zwracał jednak uwagi.

W 2000 roku wytwórnia Drag City wydała tom ezoterycznych opowiadań Faheya pod tytułem „How Bluegrass Music Destroyed My Life”, w edycji Damiana Rogersa i wstępem O’Rourke’a.

W lutym 2001 roku, tuż po swoich sześćdziesiątych drugich urodzinach John Fahey zmarł w szpitalu w Salem.

W 2006 roku wydane zostały aż cztery nagrania w konwencji „tribute to” poświęcone Faheyowi jako „gigantowi XX-wiecznej amerykańskiej muzyki”. Do tej pory, w sumie, nagrano sześć takich albumów.

The John Fahey Tribute Album: Revenge of Blind Joe Death został wydany w 2006 roku dla Fantasy Records i zawiera zarówno utwory Faheya w jego wykonaniu jak i w wykonaniu artystów takich jak: Dale Miller, George Winston, Michael Gulezian, Alex de Grassi, Charlie Schmidt, Canned Fish (Fito de la Parra i Larry Taylor z Canned Heat oraz Barry „The Fish” Melton (z Country Joe and the Fish)), David Doucet, Country Joe McDonald, Peter Lang, Terry Robb, Sean Smith, Henry Kaiser & John Schott, Nick Schillace, Stefan Grossman, Rick Ruskin, Phil Kellogg, Andrew Stranglen, Nels Cline & Elliott Sharp, Pat O’Connell, oraz Blind Joe Death. Za produkcję albumu odpowiedzialny był Jon Monday.

Dyskografia