Kontynuował jednak występy w Salem i okolicach, głównie dzięki staraniom przyjaciół: jego żony Pam oraz Davida Finke. Starali się podtrzymać karierę Faheya organizując zaproszenia do radia, gdzie dawał krótkie koncerty. Kiedy jednak rozstał się z trzecią żoną wszystko zaczęło się szybko rozsypywać. W 1990 wydał album, jak się wydawało ostatni i zapadła cisza.
Fahey, chociaż wygrał pięcioletnią walkę z chorobą, spędził niemal cały początek lat dziewięćdziesiątych w biedzie, mieszkając zazwyczaj w tanich motelach. Z powodu choroby nie mógł koncertować. Rachunki za wynajem płacił odsprzedając rzadkie nagrania jakie znajdywał w second handach oraz z pieniędzy jakie dostał za zastawione gitary.
W 1994 roku Fahey, w wyniku publikacji notki o nim w Alternative Record Guide firmowanym przez Spin Magazine, zrozumiał, że teraz ma zupełnie nową publiczność, w której skład wchodziły alternatywne amerykańskie zespoły Sonic Youth czy Cul de Sac, brytyjski komik i pisarz Steward Lee czy awangardowy muzyk Jim O’Rourke. Byron Coley opublikował artykuł pod tytułem Prześladowania i zmartwychwstania Blind Joe Deatha (również w Spin magazine), w tym czasie wydana została dwupłytowa retrospektywa pod tytułem The Return of the Repressed – wszystko układało się tak, aby rozruszać karierę Faheya.