Kilkaset lat później, w okresie sengoku, yamabushi byli obecni wśród doradców i wojsk niemal każdej ze stron walczących o kontrolę nad Japonią. Niektórzy, prowadzeni przez Shingena Takedę, pomogli Nobunadze Odzie w walce przeciwko Kenshinowi Uesugi w 1568, podczas gdy inni, w tym opat Sessai Choro, doradzali Ieyasu Tokugawie. Wielu walczyło wraz z mnichami przeciwko Nobunadze, który ostatecznie ich pokonał i zakończył epokę mnichów-wojowników.
Yamabushi służyli również od średniowiecza jako sendatsu (duchowi przewodnicy górscy) od Kumano Kodo do Kumano Sanzan. Wśród pielgrzymów byli także emerytowani cesarze i arystokraci.
Yamabushi a ninja Podobnie jak inni mnisi-wojownicy, yamabushi potrafili używać różnych broni. Można odnaleźć wzmianki o używaniu przez nich łuku, miecza i sztyletu. Jednakże charakterystyczną dla nich bronią, podobnie jak w przypadku sōhei i Ikkō-ikki była naginata.