W następstwie śmierci monarchy wyprawa wojenna na Prusy Zakonne nie doszła do skutku.
Polityka zagraniczna W 1494 roku doszło do zjazdu rodzinnego Jagiellonów w Lewoczy, na którym miały zapaść ważne decyzje dotyczące przyszłości dynastii. Wzięli w nim udział: Jan I Olbracht, Władysław II Jagiellończyk, prymas Polski, biskup krakowski, Zygmunt I oraz Fryderyk Starszy Hohenzollern, margrabia Brandenburgii. Na zjeździe tym nie podjęto żadnych wiążących decyzji. Władysław II Jagiellończyk podpisał z Janem Olbrachtem akt, w którym obiecali sobie wzajemną pomoc w wypadku buntu poddanych. W 1498 roku wielkim mistrzem krzyżackim został Fryderyk von Wettyn, który odmówił złożenia hołdu królowi i rozpoczął działania, mające na celu odzyskanie ziem utraconych po drugim pokoju toruńskim. Swoje naciski zaczął wtedy wywierać Maksymilian I Habsburg. Na te działania Jan I Olbracht odpowiedział sojuszem z Francją przypieczętowanym małżeństwem Władysława II z francuską księżniczką Anną de Foix-Candale. W 1499 roku Polska i Litwa zawarły unię krakowsko-wileńską dotyczącą dalszej współpracy obu krajów.
Śmierć Jan I Olbracht zmarł 17 czerwca 1501 roku w Toruniu. Jego zwłoki złożono uroczyście w katedrze wawelskiej.