Odbiór Małgorzata Hendrykowska w 1999 roku pisała, iż siła filmu bierze się z konfrontacji dwóch różnych postaw. „Zanussi nie sugeruje, który z wyborów jest dobry, który zły. Nie istnieje możliwość jednoznacznego wyboru; świat jest o wiele bardziej skomplikowany niż mówiły o tym wcześniejsze filmy podporządkowane doraźnym funkcjom propagandowym, dydaktycznym, rozrywce”. Hendrykowska zaznaczała, że Struktura kryształu była filmem nowatorskim w skali polskiej kinematografii, „w którym jedna z głównych ról powierzona zostaje amatorowi; zrealizowanym w naturalnych plenerach i wnętrzach, z naturalnym dźwiękiem, z założeniem, że dialogi filmowe są tylko punktem wyjścia do ich rozwinięcia w interpretacji aktorskiej”.
Marta Hauschild podkreślała, że Struktura kryształu, zaliczana przez nią do trzeciej fali polskiego kina, „jest uznawana za film prekursorski wobec późniejszego nurtu” znanego jako kino moralnego niepokoju. Utorowała bowiem drogę takim reżyserom, jak Agnieszka Holland, Feliks Falk i Krzysztof Kieślowski, którzy wespół z Zanussim mieli dołączyć do wspomnianej formacji. Tadeusz Lubelski w innej interpretacji filmu stawiał tezę, że Struktura kryształu należała do innej formacji określanej mianem Kina Młodej Kultury.