Wynika to między innymi z niepaństwowego charakteru komisji (nie są one samorządami, organami administracji państwowej, samorządowej ani innymi organami administracyjnymi).. W lutym 2011 r. CBA wysłało do premiera, prezydenta i marszałków sejmu analizę, z której wynikało, że działalność komisji jest niejasna i niekorzystna dla Polski.
W 2009 r. ABW rozpoczęła postępowanie wobec byłego funkcjonariusza SB, Marka Piotrowskiego, pełnomocnika wielu zakonów i kościołów występujących o zwrot nieruchomości do Komisji. W grudniu 2011 r. protokolantce, 7 członkom komisji (zarówno ze strony kościelnej, jak i ze strony rządowej) i Piotrowskiemu postawiono zarzuty korupcji i poświadczania nieprawdyAkt oskarżenia w sprawie Komisji Majątkowej..
Do sfałszowania operatów szacunkowych (wycen gruntów) przyznał się jeden z rzeczoznawców i dobrowolnie poddał się karze.
W trakcie różnych śledztw prokuratorskich ustalono, że z punktu widzenia prawa komisja nie była organem administracyjnym ani sądem, nie zarządzała mieniem ani nie miała go pomnażać, nie była też zobowiązana dbać o interes państwa. W związku z tym oraz niemożnością potraktowania członków komisji jak funkcjonariuszy publicznych zdecydowana większość śledztw kończyła się umorzeniem z braku podstaw prawnych dla postawienia zarzutów.
Wyroki Trybunału Konstytucyjnego