W latach 1989–2011 w skład komisji reprezentujących stronę kościelną wchodzili: ks. Jan Chmiel, Barbara Dołbniak, Edward Klimczuk, Przemysław Kłosiewicz, Stanisław Dąbrowski, Tadeusz Kobyliński, Wiesław Pakoca, Romuald Soroka, Hanna Żywiecka, Jarosław Bittel, ks. Tadeusz Nowok, Andrzej Kołodziej, Andrzej Rościszewski, Małgorzata Bryk, ks. Stanisław Pindera, ks. Mirosław Piesiur, Piotr Perończyk, Krzysztof Wąsowski, Wojciech Kubis, ks. Konrad Zygmunt, ks. Dariusz Walencik.
Nieprawidłowości Śledztwa prokuratorskie Do połowy 2011 r. przeciwko osobom związanym z komisją wszczęto 28 śledztw prokuratorskich. 17 z nich umorzono, m.in. z powodu przedawnienia.
Krytykowane są m.in. decyzje o przyznaniu Kościołowi gruntów po cenie niższej od rynkowej. 21 lutego 2011 CBA skierowało do prokuratury zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstw w przypadku 22 orzeczeń Komisji (w tym orzeczenia ustanawiającego największą, bo wynoszącą 318 ha, różnicę pomiędzy powierzchnią gruntów utraconych a tych przyznanych jako rekompensata). W zawiadomieniu nie ma jednak mowy o korupcji, bo z analiz prawnych Biura wynika, że takich zarzutów nie da się postawić osobom duchownym.