Członkowie komisji Skład Komisji Majątkowej ustalony został na podstawie parytetu, po równej liczbie osób reprezentujących państwo i Kościół. Komisja działała pod kierunkiem dwóch przewodniczących, z których jednego wyznaczał Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji, a drugiego Sekretarz Konferencji Episkopatu Polski. Każdy z członków dostawał miesięczne wynagrodzenie w wysokości 77% wynagrodzenia sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego.
W latach 1989–2011 w skład komisji reprezentujących stronę rządowa wchodzili: Bogusław Skręta, Józef Bołdak, Andrzej Pieniążek, Andrzej Wróblewski, Iwona Dykczak-Skorupska, Henryk Jędrzejewski, Romuald Soroka, Stefan Wasilewicz, Romana Górecka, Zbigniew Wrona, Marek Siwiec, Zbigniew Derdziuk, Arnost Bećka, Aleksandra Sulkowska, Andrzej Szuwara, Jerzy Bart, Dariusz Trzaska, Rajmund Jaroszek, Jakub Skiba, Krystyna Leonard, Adam Kornatowski, Justyna Staszak, Marcin Żukowski, Małgorzata Kosicka, Katarzyna Kobierska, Zbigniew Filipkowski, Andrzej Marciniak, Renata Czyżak, Robert Napora, Aneta Szyndler, Józef Różański, Joanna Zych-Gorgosz, Monika Piszcz-Czapla.