Po doniesieniach prasowych, że w pewnych przypadkach mogli oni dostarczyć wyceny nieruchomości wielokrotnie niższe od wartości rynkowej (na dzień 10.05.2012 wątpliwości dotyczyły 30 spraw, z czego jednak większość nie została potwierdzona) oraz po przypadkach sprzedaży przyznanej nieruchomości kilkukrotnie drożej niż wycena we wniosku, w 2008 roku wprowadzono zasadę, że wycenę dostarcza także strona rządowa.
Zgodnie ze „Sprawozdaniem z działalności Komisji Majątkowej w latach 1989–2011” Komisja Majątkowa przekazała kościelnym osobom prawnym rekompensaty i odszkodowania w wysokości 143 534 231,41 zł oraz ponad pół tysiąca nieruchomości (wartych ok. 5 mld zł). Miały one obszar 66 tys. ha. Tymczasem według Agencji Nieruchomości Rolnych przekazała ona Kościołowi katolickiemu na mocy decyzji Komisji 76 tys. ha, a Lasy Państwowe przekazały 4 tys. haKościelny cud na ziemi.Komisja Majątkowa zgubiła 16 tys. hektarów..