25 lipca 1944 r., w trzy tygodnie po zajęciu Mińska przez Armię Czerwoną, podczas szykowania się do wyjazdu do kraju została aresztowana przez NKWD. Została oskarżona o szpiegostwo na rzecz Wielkiej Brytanii i skazana na 6 lat łagru. W 1950 r. postawiono ją ponownie przed sądem, tym razem w Wilnie i otrzymała wyrok 25 lat łagrów. Była w tym czasie parokrotnie przetrzymywana w więzieniu na Łubiance, a także w więzieniach w Wilnie i Nowosybirsku, w 1950 r. przeszła brutalne śledztwo w więzieniu w Mińsku. Przebywała w łagrach w Bracku, Gorkim, Orszy, Nowosybirsku, Suchobezwodnej, Tajszecie i Kemerowie. Ułaskawiona w październiku 1956 r., 15 października 1956 r. wróciła do Polski.
PRL i emerytura (1956-1995) Po powrocie w 1956 r. podjęła pracę w Bibliotece Głównej Politechniki Warszawskiej, gdzie pracowała przez 20 lat (do emerytury), od 1964 r. na stanowisku adiunkta, a następnie starszego kustosza dyplomowanego, zajmując się gromadzeniem specjalistycznego księgozbioru technicznego. Była przewodniczącą Komisji Historii Kobiet w Walce o Niepodległość. W 1980 r. wstąpiła do NSZZ „Solidarność”. W maju 1992 r. została patronką 17 Rozwadowskiej Drużyny Harcerek. Lipińska uczestniczyła na nadaniu imienia drużynie. Przed śmiercią często odwiedzała harcerki.