Imperium Osmańskie Od 1517 roku Kościół koptyjski istniał w ramach chrześcijańskich wspólnot religijnych Imperium Osmańskiego. Jego sytuacja niewiele zmieniła się od X wieku. W XVI wieku z inicjatywy Kościoła rzymskokatolickiego, doszło do ponownej próby unii kościelnej katolicko-koptyjskiej. Skończyła się ona jednak i tym razem niepowodzeniem.
W 1739 roku część wiernych Koptyjskiego Kościoła Ortodoksyjnego, pod przywództwem biskupa Jerozolimy, Atanazego zawarła unię z Kościołem łacińskim. Powstała wspólnota unicka stała się zalążkiem utworzonego w 1895 roku Kościoła katolickiego obrządku koptyjskiego.
XIX wiek W czasach rządów Muhammada Alego Kościół koptyjski zaczął cieszyć się większą tolerancją religijną. Nastąpił wzrost liczby członków wspólnoty, zaczęły powstawać nowe diecezje i klasztory.
Penetracja Egiptu przez mocarstwa europejskie oraz emigracja Egipcjan w XIX wieku przyczyniły się do przenikania do Kościoła koptyjskiego nauki protestanckiej. Pod wpływem misjonarzy amerykańskich w 1854 roku doszło do niewielkiej schizmy w łonie Koptyjskiego Kościoła Ortodoksyjnego, w wyniku której część Koptów założyła Koptyjski Kościół Ewangelicki.