W 1855 roku został zniesiony podatek religijny, a Koptowie przestali być traktowani jak oddzielny, niemuzułmański stan społeczny. Nastąpiło też zrównanie praw chrześcijan z wyznawcami islamu.
XX wiek W XX wieku Kościół koptyjski włączył się aktywnie w działalność ekumeniczną. Jest członkiem założycielem Światowej Rady Kościołów. Wieloletni patriarcha Kościoła, Szenuda III odegrał ważną rolę w zbliżeniu Kościoła koptyjskiego z Kościołami katolickimi, prawosławnymi oraz protestanckimi. Był także uważany za jednego z najbardziej wpływowych przywódców religijnych na świecie.
W 1959 roku Koptyjski Kościół Ortodoksyjny przeszedł znaczne zmiany w swojej wielowiekowej strukturze organizacyjnej. W tym roku koptyjski patriarcha Aleksandrii zrezygnował ze zwierzchnictwa nad Etiopczykami i zgodził się nadać autokefalię Kościołowi etiopskiemu. Zachował jednak status primus inter pares wobec hierarchów etiopskich, który wykorzystał w 1993 roku nadając autokefalię Kościołowi erytrejskiemu.
Od lat 70. XX wieku w Republice Egiptu Koptyjski Kościół Ortodoksyjny podobnie jak inne wyznania nieislamskie jest dyskryminowany. Wpływ ma na to wiele czynników: ekonomicznych, społecznych i politycznych.