W związku z prześladowaniami liczebność wyznawców Kościoła koptyjskiego w jego kolebce w ostatnich latach znacznie spadła.
Od 4 listopada 2012 patriarchą Kościoła jest Tawadros II.
Charakterystyka thumb|Koptyjska ikona Jezusa Chrystusa thumb|Koptyjska ikona św. Pachomiusza, twórcy cenobityzmu thumb|Wnętrze katedry koptyjskiej w Asuanie
Chrystologia Od V wieku wierni Koptyjskiego Kościoła Ortodoksyjnego uważani byli powszechnie za wyznawców monofizytyzmu. Współcześnie trudno jest powiedzieć czy była to prawda. Sam Kościół twierdzi, że nigdy nie popierał doktryny Eutychesa i że podejrzenia o herezję wynikały z niezrozumienia Kościoła koptyjskiego oraz ignorowania go przez resztę chrześcijaństwa.
Obecnie Koptyjski Kościół Ortodoksyjny naucza, że Jezus Chrystus posiada zarówno pełnię boskości, jak i pełnię człowieczeństwa. Wierzy również w dwie natury w Chrystusie – ludzką i boską, które są zjednoczone w jednym bez zmieszania się, bez pomieszania i bez zmiany.
Duchowieństwo Na czele duchowieństwa Koptyjskiego Kościoła Ortodoksyjnego stoi patriarcha Aleksandrii, zwany papieżem aleksandryjskim, z którym biskupi koptyjscy zachowują łączność i wspólnie czuwają nad czystością wiary oraz udzielaniem święceń kapłańskich w poszczególnych diecezjach.