Technika kompozytorska Marcela Duprégo zmieniała się na przestrzeni sześćdziesięciu lat jego życia. Wywodzi się z XIX wiecznej francuskiej tradycji symfonicznej. Zaobserwować można ściśle i polifonicznie napisane fragmenty, które przeciwstawione są tym pisanym w swobodnym stylu pianistycznym, a czasem nawet używa połączenia tych dwóch technik. Podobny kontrast obecny jest w harmonice używanej przez Duprégo – niejednokrotnie nawiązuje do skal modalnych, innym doprowadza do szerokiego rozszerzenia tonalności przez chromatykę.
Do jego najpopularniejszych utworów zaliczają się m.in. cykl 3 preludiów i fug op. 7, napisany w czasie studiów i wydany w roku 1920, który jest ukłonem w stronę klasycznej formy (preludium i fuga), lecz prezentuje wysoki poziom komplikacji technicznej oraz połączenia tematyczne i motywiczne wśród każdej z par. Innym znanym utworem są Variations sur un Noël (Wariacje na temat kolędy) op. 20, które powstały w czasie podróży pociągami podczas pierwszego tournée kompozytora po Stanach Zjednoczonych. Dupré napisał wariacje zafascynowany elektryczną trakturą organów amerykańskich. Wśród wielkich cyklów wymienić należy czteroczęściową Symphonie–Passion op. 23, wywiedzioną z improwizacji, którą Dupré wykonał w 1921 roku na Wanamaker Grand Court Organ w Fliadelfii, największych organach na świecie.