W czterech częściach (Świat oczekuje na przyjście zbawiciela; Narodzenie; Ukrzyżowanie; Zmartwychwstanie) kompozytor przedstawia historię Chrystusa, wykorzystując przy tym tematy gregoriańskie. Innym cyklem wywiedzionym z improwizacji jest Le Chemin de la Croix (Droga krzyżowa) op. 29, zainspirowana tekstami Paula Claudela, które były czytane podczas koncertu Duprégo w Królewskim Konserwatorium w Brukseli w 1931 roku. Le Chemin de la Croix określana jest jako czternastoczęściowy poemat symfoniczny, w którym leitmotivy wracają w poszczególnych częściach.
Do najtrudniejszych technicznie utworów kompozytora zaliczają się etiudy napisane dla Jeanne Demessieux, którą Dupré uważał za swoją najzdolniejszą uczennicę – Suite op. 39 czy Trois Esquisses (Trzy szkice) op. 41.
W 1926 został następcą Eugène’a Gigouta na stanowisku nauczyciela organów w Konserwatorium Paryskim. Do szerokiego grona jego uczniów należeli wybitni organiści i kompozytorzy tacy jak m.in. Jehan Alain, Marie-Claire Alain, Suzanne Chaisemartin, Michel Chapuis, Pierre Cochereau, Jeanne Demessieux, Rolande Falcinelli, Jean Guillou, Jean Langlais, Olivier Messiaen. W Konserwatorium uczył do 1954 roku, zaś w latach 1954–1956 był dyrektorem placówki.