Konsekwencje Zastępczy zespół Münchhausena w bezpośredni sposób powoduje krzywdę dzieci, które stają się ofiarami zaburzenia rodziców lub opiekunów. Nieuzasadnione faktyczną chorobą leczenie i zabiegi medyczne mogą wywołać szereg powikłań zdrowotnych, podobnie jak preparaty podawane dzieciom w celu wywołania choroby.
Dzieci, będące ofiarami zaburzenia, zazwyczaj wymagają pomocy psychologicznej i terapeutycznej w życiu dorosłym. Z uwagi na uzasadnione ryzyko nieprawidłowego rozwoju psychofizycznego oraz krzywdy fizyczne i psychiczne zastępczy zespół Münchhausena zalicza się do zespołów związanych z maltretowaniem dzieci. Z badań przeprowadzonych przez Mary S. Sheridan w 2003 roku wynika, że 7% ofiar zastępczego zespół Münchhausena doznaje długotrwałego uszczerbku na zdrowiu lub trwałego kalectwa, zaś 6% dzieci umiera. Praktycznie wszystkie doznają uszczerbku na zdrowiu psychicznym.
Przykłady wystąpienia Na zastępczy zespół Münchhausena cierpiała prawdopodobnie Dee Dee Blanchard, zamordowana przez swoją córkę i jej chłopaka w 2015. W 1999 roku Kathy Bush z Florydy została skazana na 3 lata więzienia za trucie swojej córki lekami,