Zagrożenia Za główne zagrożenie dla gatunku uważa się niszczenie jego naturalnego siedliska, szczególnie przez rolnicze wykorzystywanie przybrzeżnych terenów, jak również, głównie ostatnio, akwakulturę i uprzemysłowienie. Wojna koreańska (1950–1953) także musiała mieć ujemny wpływ na gatunek, ponieważ ptaki przestały w tym czasie gnieździć się w Korei Południowej. W Japonii, gdzie dawniej spędzały zimy, również stały się niezwykle rzadkie, a w późniejszych latach nigdy nie było zimy, w czasie której zostałoby zauważone więcej niż pięć ptaków.
Ochrona W Hongkongu, na podstawie „Wild Animals Protection Ordinance Cap 170”, gatunek jest objęty ochroną. W rezerwacie Mai Po Marshes podczas migracji można zaobserwować ćwierć światowej populacji warzęchy małej.
Obecnie gatunek jest w miarę dobrze chroniony w Korei Północnej. Na wyspach niedaleko brzegów, gdzie ptaki gniazdują, zostały utworzone strefy ochronne z ograniczonym dostępem. Jednak pozostaje nadal kilka zagrożeń, głównie dla ptaków, które pozostają na zimę w strefach. Zapotrzebowanie na ziemię, która byłaby przeznaczona dla sektora przemysłowego wśród beneficjentów, na Tajwanie jest duże, dlatego środowisko warzęch jest ciągle zagrożone.