Po uruchomieniu nowej zajezdni w Podgórzu w 1939 r. zajezdnia przy ul. św. Wawrzyńca i Gazowej nie podlegała już istotnym zmianom przestrzennym. Stopniowo jako niefunkcjonalna traciła na znaczeniu, wyprowadzano z niej kluczowe funkcje (likwidacja tramwaju wąskotorowego w 1953 r., likwidacja normalnotorowego do 1960 r.), zlikwidowano większość detalu architektonicznego, przekształcano wnętrza, wprowadzano przybudówki i wiaty, ostatecznie zlikwidowano pozostałości ogrodu zakładowego, zlikwidowano niektóre nowsze budynki. Po opuszczeniu przez MPK w poł. lat 90. XX w. zwrócono zakonowi część północną z 1913 r. (św. Wawrzyńca 12), wyłączono narożny budynek pozostawiając funkcje administracyjne, a w najstarszej części zespołu Gmina M. Krakowa utworzyła w 1998 r. Muzeum Inżynierii Miejskiej.
W latach 1997–2010 prowadzono w tej części sukcesywnie kompleksowe prace konserwatorskie, jeszcze nie sfinalizowane. M.in. w 2008 II wozownia została poddana odnowie konserwatorskiej, a w ul. św. Wawrzyńca przywrócono dojazd normalnotorowy w celu wprowadzenia tam zabytkowych tramwajów (Tramwaje w Krakowie), będących w posiadaniu MPK SA. Oficjalne otwarcie wyremontowanej hali odbyło się podczas krakowskiej Nocy Muzeów 2009, 15 maja 2009.