9 lipca regularne oddziały Wojska Polskiego podzieliły się na trzy operujące oddzielnie korpusy. W połowie lipca korpus generała Chłapowskiego (dowodzony przez generała Giełguda) i korpus generała Franciszka Rohlanda zmuszone zostały do przekroczenia granicy Królestwa Prus. W sumie granicę przeszło 15 tysięcy żołnierzy regularnej armii z pełnym uzbrojeniem i wyposażeniem. Jedynie korpus generała Henryka Dembińskiego uniknął rosyjskiej obławy i przebił się do Królestwa. Oddziały powstańcze utrzymały się jeszcze w Puszczy Nalibockiej i w oszmiańskiem. Do listopada 1831 wytrwał oddział Marcelego Szymańskiego.
Represje Rosyjskie władze wojskowe z całą bezwzględnością zwalczały partyzantkę litewską. Oficerów wziętych z bronią w ręku rozstrzeliwano, a szlachtę oddawano pod sądy wojenne i skazywano na konfiskatę majątków i zesłanie. Na ich miejsce sprowadzano kolonistów z Rosji. Chłopów karano chłostą, zsyłano do batalionów syberyjskich, wsie sprzyjające powstańcom palono. Przy poparciu rządu starowierzy napadali na dwory i rabowali je. Władzom pomagała także ludność żydowska.