Dawniej, jak pokazały to badania prowadzone w latach 2009–2012, pomiędzy bazyliką a kaplicą było dodatkowe przejście z okazałym portalem, które później okratowano, a następnie zamurowano. Kaplica, zamknięta kratą, nie jest udostępniona dla pielgrzymów i zwiedzających. Można dodać, że w XIX wieku czasowo kaplica ta była pod opieką prawosławnego popa.
Nawy mały|250px|Bazylika – nawa główna Do bazyliki prowadzą główne drzwi z 1858 (w prawo z przedsionka) ozdobione jednostronnie płaskorzeźbami aniołów oraz św. Pawła Pierwszego Pustelnika i św. Antoniego Opata. Bazylika ma 46 m długości, 21 m szerokości i 29 m wysokości. Jest budowlą orientowaną. Z prawej nawy bocznej (południowej) prowadzą schody w górę do kaplicy św. Pawła Pierwszego Pustelnika i kaplicy Najświętszego Serca Pana Jezusa oraz schody w dół do kaplicy Świętych Relikwii. Wszystkie trzy kaplice na zewnątrz obłożone są piaskowcem pińczowskim. Z lewej nawy bocznej (północnej) prowadzi wejście schodami w górę do kaplicy Matki Bożej (przybudówki) z barokowym portalem, w supraporcie, którego widoczna jest polichromowana płaskorzeźba przedstawiająca spotkanie na pustyni św. Pawła Pierwszego Pustelnika i św. Antoniego Opata, dalej w północnej ścianie prezbiterium, znajdują się dwa dalsze wejścia, w tym pierwotne wejście do kościoła z około połowy XVII wieku.