Ściany bazyliki pokryte są dekoracją stiukową, wnętrze rozczłonkowane filarami naw bocznych z masywnymi pilastrami zwieńczonymi głowicami kompozytowymi. Ściany zostały na końcu XVIII wieku marmoryzowane. Sklepienia zdobią freski wykonane w latach 1693–1695 przez artystę Karola Dankwarta i sztukaterie wykonane najprawdopodobniej przez artystów śląskich. W prezbiterium przedstawiono sceny adoracji i znalezienia Krzyża Świętego, a w nawie głównej i bocznych treścią polichromii są cuda jakie działy się na Jasnej Górze, opisane w jasnogórskich księgach łask.
W prawej nawie bocznej usytuowano cztery późnobarokowe ołtarze boczne. Najbliżej prezbiterium znajduje się ołtarz św. Anny, w którego nastawie ustawiono rzeźbę św. Anny z Maryją, a w zwieńczeniu figurę Maryi Niepokalanie Poczętej. Blisko niego położony jest ołtarz św. Józefa z Dzieciątkiem (pierwotnie św. Łukasza) z barokowym obrazem świętego przybranego w srebrną sukienkę. Pomiędzy kaplicami św. Pawła Pierwszego Pustelnika i dwoma pozostałymi kaplicami umieszczono ołtarz z pokłonem Mędrców ze Wschodu (dawniej św. Franciszka Ksawerego z pozostawioną grupą rzeźbiarską przedstawiającego świętego udzielającego chrztu poganom). Ostatni ołtarz w tej bocznej nawie (pod chórem muzycznym) z czarnego marmuru dębnickiego poświęcony jest św.