W latach 1919–1925 był dyrektorem Instytutu Etnologii Uniwersytetu Poznańskiego, piastując katedrę etnologii i folkloru jako profesor nadzwyczajny. W 1925 przeniósł się na UJ, został profesorem zwyczajnym i kierownikiem Katedry Etnologii i Socjologii. Od 1934 prowadził wykłady z socjologii i polskiej kultury ludowej na Uniwersytecie Warszawskim, kierując jednocześnie Katedrą Socjologii (do 1948). W latach 1934–1936 pełnił funkcję kierownika Departamentu Szkolnictwa Wyższego Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. W latach 1926–1932 pełnił funkcję sekretarza Komisji Etnograficznej PAU. W 1931 ożenił się z Jadwigą Misiakowską

W czasie okupacji był kilka miesięcy więziony na Pawiaku; brał udział w tajnym nauczaniu. W ostatnich latach życia ciężko chorował, cierpiał również na załamanie nerwowe po śmierci syna oraz z powodu wieloletniej choroby żony. Oficjalnie przeszedł na emeryturę rok przed śmiercią. Pochowany na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie (kwatera 4-6-1)śp. Jan Stanisław Bystroń.