Gra Marra na gitarze stała się fundamentem dla kolejnych zespołów pochodzących z Manchesteru, które powstały po The Smiths. Gitarzysta The Stone Roses stwierdził, że Marr miał na niego ogromny wpływ. Gitarzysta prowadzący Oasis Noel Gallagher przypisał wpływ The Smiths na swoją grę, a zwłaszcza Marra, którego opisał jako „pieprzonego czarodzieja”, dodając, że „on jest wyjątkowy, nie da się grać tego, co on”.

Po rozpadzie The Smiths The Pretenders, The The, Electronic (1987–1999) W sierpniu 1987 roku Marr był przez bardzo krótki czas oficjalnym członkiem The Pretenders. Pod koniec 1987 roku odbył trasę koncertową z zespołem i pojawił się na podwójnym singlu „Windows of the World” / „1969”. Następnie opuścił The Pretenders, po czym nagrywał i koncertował z The The od 1988 do 1994 roku, wydając wspólnie dwa albumy studyjne. Jednocześnie założył grupę Electronic z Bernardem Sumnerem z New Order. Electronic byli aktywni z przerwami przez całe lata 90. XX wieku, wydając swój ostatni album w 1999 roku.

Praca sesyjna (1987–2002) W 1992 roku Marr i nagrali cover utworu Ennio Morricone „The Good, the Bad and the Ugly” na album kompilacyjny .