Marr pracował jako muzyk sesyjny i współpracownik piszący dla takich artystów, jak: Pet Shop Boys, Bryan Ferry, Billy Bragg, , , Jane Birkin, Talking Heads i Beck. Grał na gitarze w czterech utworach na ostatnim albumie Talking Heads Naked, w tym w singlu „” i pojawił się w teledysku do tej piosenki.
Grał na gitarze w kilku utworach Pet Shop Boys; pojawiał się gościnnie na ich albumach, a jego najbardziej znaczący wkład to Release (2002). Jedyny remiks, jaki Marr kiedykolwiek do tego czasu wykonał, pochodził właśnie z albumu Pet Shop Boys – był to miks jego ulubionego utworu z albumu Actually z 1987 roku, zatytułowany „I Want to Wake Up”, który został wydany jako strona B singla „” z 1993 roku. Później występował jako gościnny muzyk na albumie Oasis Heathene Chemistry.
Johnny Marr and the Healers (od 2000) W 2000 roku Marr zrekrutował perkusistę Zaka Starkeya (syna Ringo Starra), gitarzystę Cavewaves Lee Spencera i byłego basistę Kula Shaker do swojego projektu muzycznego Johnny Marr and the Healers. Zespół powstawał przez dwa lata, ponieważ Marr chciał, aby członkowie byli wybierani „na zasadzie chemii”. Ich debiutancki, a zarazem jedyny album ukazał się w 2003 roku, a wszystkie teksty napisał Marr.