Te ostatnie działania wywołały gwałtowną reakcję miejscowych rojalistów oraz żyrondystów. W Konwencie Narodowym ci ostatni zdołali wymóc dekret o ograniczeniu samodzielności samorządów lokalnych w tworzeniu własnych rewolucyjnych instytucji, co wyraźnie uderzało w działalność Chaliera w Lyonie. Do miasta zostali również wysłani komisarze parlamentu. Taka decyzja Konwentu skłoniła sekcje (oprócz pięciu) do wystąpienia przeciw Chalierowi. Obalenie jego zwolenników nie było trudne wobec praktycznego braku oporu. Władzę na nowo przejęli rojaliści razem z żyrondystami, a Lyon przyłączył się do powstania federalistów. Mimo kontrowersji, jakie wzbudziło to u części robotników (większość mieszkańców) ostatecznie rojalistom udało się przekonać ich do wystąpienia przeciwko Konwentowi. Na czele szybko sformowanych sił zbrojnych stanął hrabia Louis François Perrin de Précy, na co Konwent odpowiedział wysłaniem do miasta komisarza Roberta Lindeta. Buntownicy nie chcieli jednak z nim rozmawiać, zamiast tego wezwali wszystkich Francuzów do wsparcia powstania federalistów. 12 i 14 lipca 1793 Konwent nakazał zbrojną rozprawę z rojalistami, którzy w tym czasie praktycznie opanowali miasto. Doprowadzili do końca proces Chaliera, który został zgilotynowany;