W maju 1919 utworzył „Konsylium polityczne”. Nawiązał łączność zarówno z admirałem Aleksandrem Kołczakiem, jak i przedstawicielstwem białej emigracji rosyjskiej w Paryżu. 24 maja 1919 został dowódcą wszystkich rosyjskich sił na Północnym Zachodzie, a 10 czerwca został wyznaczony przez Kołczaka naczelnym dowódcą Armii Północno-Zachodniej. W sierpniu wszedł w skład Rządu Północno-Zachodniego. 28 września wojska Judenicza przerwały front 7 Armii Czerwonej i zdobyły Jamburg, Krasnoje Sieło, Gatczynę, Dietskoje Sieło. Do Piotrogrodu pozostawało 20 km.

Od 2 października do 28 listopada 1919 był naczelnym dowódcą Białej Armii Północno-Zachodniej. W końcu listopada, kiedy wojska Armii Czerwonej przeszły do natarcia, zmuszony był do odwrotu i wycofania się do Estonii, gdzie armia została rozbrojona. Główną bazą jego działalności był jeszcze za okupacji niemieckiej Psków. Jego priorytetowym celem było zdobycie Piotrogrodu, nigdy mu się to jednak nie udało, gdyż za każdym razem był powstrzymywany przez jednostki 6 i 7 Armii bolszewickiej stacjonujących w okolicy miasta. W sumie miasto atakował parokrotnie, zawsze był odrzucany przez bolszewików do Estonii, która tolerowała obecność jego armii dopóty, dopóki istniały realne szanse na zwycięstwo białych w wojnie domowej.